Ανήσυχοι για τη διατήρηση των αγιογραφιών της Αγίας Σοφίας και των σπάνιας τέχνης ψηφιδωτών που κοσμούν τον ιστορικό ναό, είναι οι εξειδικευμένοι επιστήμονες. Ο τρόπος που οι Τούρκοι επέλεξαν να καλύψουν τις αγιογραφίες στο παγκόσμιας ακτινοβολίας μνημείο, προκαλεί φόβους για φθορές και καταστροφές.
Με τριγωνικά υφάσματα και κουρτίνες κάλυψαν οι Τούρκοι τα ψηφιδωτά και τις εικονογραφίες της Αγίας Σοφίας. Με αυτές τις κουρτίνες έκρυψαν την εικόνα της βρεφοκρατούσας Παναγίας που δεσπόζει στο θόλο του ναού.
Στις φωτογραφίες φαίνεται πως έχουν καλύψει την βορειοανατολική πλευρά, τα σωζόμενα ανεκτίμητης και ιστορικής αξίας ψηφιδωτά των αυτοκρατόρων που ήταν κτήτορες του ναού, με ένα μπορντό παραβάν, το οποίο πάνω έχει στίχους από το Κοράνι.
Αλλά και η μοναδικής τεχνοτροπίας Δέηση της Αγίας Σοφίας ήταν καλυμμένη ώστε να κάνουν απερίσπαστοι οι μουσουλμάνοι την προσευχή τους.
Ο συντηρητής ψηφιδωτών Νίκος Τόλης με θητεία 28 χρόνων στην τέχνη του ψηφιδωτού υποστηρίζει μιλώντας στην κάμερα του MEGA πως οι Τούρκοι επειδή δεν έχουν τεχνίτες ψηφιδωτών απευθύνονται σε ειδικούς από το εξωτερικό για να μην καταστρέψουν τα πολύτιμα ψηφιδωτά και τις τοιχογραφίες της Αγίας Σοφίας.
Στην ιστοσελίδα του Εθνικού Μετσόβειου Πολυτεχνείου ακαδημαϊκοί και επιστήμονες από όλο τον κόσμο ενώνουν τη φωνή τους και υπογράφουν για την υπεράσπιση των αξίων της Αγίας Σοφίας.
